孙来燕在回答网友关于中国国防科技水平和美国的差距有多大时说，从国务院发布的《2006年中国的国防》白皮书中看到，2006年中国国防费预算2838亿元人民币，与其他一些国家，特别是大国相比中国仍处在较低的水平，就拿2005年相比，中国年度国防费相当于美国的6.19%，英国的52.9%，法国的71%，日本的67%，这是国防经费投入上的比例。当然，国防费投入的差距并不能反映实力上的差距。

他强调，自主创新是国防科技工业的本质属性和内在要求。1840年后的近百年间，中华民族饱受列强的侵略，落后就要挨打，没有强大的国防，中华民族就不可能屹立世界民族之林，没有“两弹一星”的成就就没有中国今天大国的地位。虽然某些装备和产品也许可以引进，但是历史和现实经验表明，最先进的武器是买不来的，军工核心技术是买不来的，创新能力也是买不来的，必须依靠自力更生、自主发展。

孙来燕透露，中国近年自主创新取得的主要成果有：一批高新武器装备关键技术取得重要突破；军民两用产业发展取得显著成绩，ARJ21支线飞机全面进入总装阶段，新一代大型运载火箭进入研制阶段，风云二号D星、海洋一号B星等民用卫星成功发射并开始交付运行；6吨直升机项目进展顺利，大型液化天然气船攻克关键技术，已成功下水。国家重大专项进展顺利，大型飞机、探月工程、高温气冷堆核电站示范工程、高分辨率对地观测系统等专项取得重要进展。