交通部、民航总局、铁道部三大系统的市场化进展不一，管理体制差异很大，这种不统一制造了整合难题。  

“我就曾经提议要组建一个类似中国铁路总公司的公司，把铁路的营运资产公司化经营，铁道部只负责行业监管。但这个提议也失败了，没组建起来。”厉以宁说。  

早在1988年的铁路经济体制改革的文件中，就曾提出了“深化和完善企业经营机制”的要求。但由于种种原因，铁道部的“企业经营机制”仍然植根于政府机构之内，其机构改革并没有如舆论所愿同步推行。  

“我建议，在这次铁道部深化改革中，需要做到三分开，把铁道部门的宏观调控职能、营运职能和投资职能都分开。”李绍德对记者说。  

从外部环境来看，此项改革已经势在必行。庞大的投资资金已经形成了对体制的“倒逼”。  

2005年7月，铁道部首次宣布全面开放铁路建设、客货运输、运输装备制造与多元经营四大领域，设定了5年向铁路投资1.25万亿元的计划，并将计划向非公有制经济开放。同时，国家发改委开始着手设计铁路投融资体制改革方案。  

但上述融资活动的成功都需建立在铁道部政企分开的基础之上，否则铁路很难吸引外部资金进入，根本原因就在于投资主体不明确。  

“在目前政企合一的情况下，社会资金进入铁路，实际是把钱投向了铁道部。”国家发改委综合运输研究所副所长汪鸣表示。