事实证明，济南铁路局以154号文件代替调度令，而后发现新发布的调度令跟原来规定的不符后，又新发了几个临时调度令。导致调度令出现混乱。4月28日凌晨2时30分许，济南西调度派班室值班主任陆敏，向值班调度员汇报说2557次机车司机运行至周村-王村下行线，LKJ运监器显示允许速度120公里/小时———2557次机车司机却发现限速标志为80公里/小时，司机按80公里/小时通过。

　　5分钟后，值班调度员蒲晓军立即通过电话，向济南机务段派班室值班主任吴海春询问有关上述限速地段的限速情况。吴海春说2245客车司机也向机务段汇报这个问题。

　　官方初步的调查结论显示，蒲晓军问运监器允许速度是多少，吴海春说修改芯片的人不在机务段，属于电务段管。吴海春接着找济南电务段值班调度田树华，向田询问是否见到济铁运函[2008]154号文件？田说不知道。吴海春立即赶往调度台布置上、下行分别预告司机限速80公里/小时，并向值班领导于忠宁主任汇报该情况。并把值班的有关工种行调主任、机调主任、电务调度召集到枢纽调度台共同处理。

　　凌晨2时40分许，调度员使用GSMR通知后续5025次列车司机运行至该地点，如线路允许速度与实际不符，按80公里/小时运行，司机运行至该处发现确实与实际不符，司机按80公里/小时通过。

　　2时48分许，调度所主任接到值班主任汇报后，立即打电话找机务处分管运输的副处长尹毓伟，尹处长说LKJ划归电务处管理，又立即打电话找电务处长张秉涛，张处长说核实一下，随后监控室来电话询问情况，了解完情况后说核实一下。打完电话后到调度台了解情况，了解到确实存在监控数据与154号文件附件4不符的情况。

　　3时许，值班调度蒲晓军通知周村东、王村站值班员分别通知上、下行司机，仍按4240号、4241号命令内容中的限速里程限速80公里运行，并预告司机。

　　3时50分左右，值班调度员隋福海再询问后续T25次列车司机，在王村-周村东下行线允许速度是多少，司机说未运行该地方不清楚，调度员要求司机在该区间按80公里/小时运行。在列车80公里/小时通过后，司机汇报说运监器允许速度为145公里/小时。